Действие D.Gray-man разворачивается в альтернативной Европе XIX века и рассказывает о Тысячелетнем Графе, строящем планы по уничтожению мира, при помощи созданных им Акума (демон яп.) — человекоподобных существ, представляющих собой живые орудия зла и соединяющих в себе душу умершего человека и механическое тело. И борющихся с ним экзорцистов, входящих в состав Тёмной Религиозной Организации (Чёрного Ордена).

Экзорцисты — это особенные люди, наделенные взаимосвязью с «Чистой Силой», божественной субстанцией, созданной много веков назад для того, чтобы бороться с созданиями Графа (Акумами). Известно, что Чистая Сила в виде 109 частей разбросана по миру. Как только частица Чистой Силы вступит во взаимосвязь с подходящим человеком, она превращается в оружие для борьбы с Акумой.

Целью Тысячелетнего Графа являются поиски так называемого «Сердца Чистой Силы». Это особая форма Чистой Силы, которая обеспечивает существование всех остальных 109 частей. Уничтожение Сердца приведёт к уничтожению остальных частей. За этим Сердцем охотятся Граф и семья Ноя..
(с)wikipedia

Борьба за "сердце" длилась долго и была кровавой. Семья Ноев, что были при Тысячелетнем графе погибли в этой заварушке. Впрочем, не только Нои погибли, были убиты фактически все служители черного ордена, а выжившие ушли в отставку и заслуженный отпуск, когда данные о том, что Тысячелетний граф исчез, подтвердились. Естественно, что никто и никогда не расслаблялся. Те, кто сражался с Графом и Ноями рассказывал своим детям, об этих страшных людях, об акумах. При этом живя в страхе и ужасе. Хоть предки погибали и байки об Экзорцистах, Акумах и Ноях с Графом не казались такими страшными, все поколения помнили лишь одну важную вещь, как их уверяли, - "Сердце" не было найдено.